Το δοκίμιο Πολιτική ανυπακοή (1849) -ένα από τα σημαντικότερα κείμενα πολιτικού στοχασμού- καλεί τους Αμερικανούς πολίτες να αρνηθούν να καταβάλουν τη φορολογία που τους είχε επιβάλει η τότε κυβέρνηση του Τζέιμς Πολκ, κυβέρνηση που αποδεχόταν τη δουλοκτησία ως νόμιμο δικαίωμα και είχε το 1846 κηρύξει πόλεμο στο Μεξικό, με σκοπό να επεκτείνει τη δουλεία σε περιοχές που θα κατακτούσε. Ο Θορώ διατυπώνει εδώ το δόγμα της "παθητικής αντίστασης" προς την εξουσία με την εκδήλωση ανυπακοής. Αυτό επιτάσσει, λέει ο συγγραφέας, η αίσθηση του δικαίου και η επίγνωση του καθήκοντος. Κάτι ανάλογο είχε διατυπώσει και ο ρομαντικός ποιητής Π. Μπ. Σέλλεϋ, στο ποίημά του "Η μάσκα της αναρχίας" (1819), έργο το οποίο επηρέασε βαθιά τον Θορώ. Για τον Θορώ, η εκδήλωση της πολιτικής ανυπακοής ως επιταγής της συνείδησής του δεν ήταν άλλο παρά πραγμάτωση της ατομικότητάς του. Η ανυπακοή γίνεται η μέθοδος προάσπισης της ελευθερίας της συνείδησης και των ατομικών δικαιωμάτων.
Μεταξύ των πολιτικών στοχαστών οι οποίοι επεξεργάστηκαν την ιδέα της πολιτικής ανυπακοής στις πολιτικές συνθήκες της εποχής τους, αποδίδοντας την πατρότητα του όρου στον Θορώ, σημαντικότεροι υπήρξαν ο Μαχάτμα Γκάντι και ο Μάρτιν Λούθερ Κινγκ. Ο πρώτος σημαντικός συγγραφέας που πρόσεξε το κείμενο του Θορώ στην έκδοση του 1866 ήταν ο Λέων Τολστόι, ο οποίος εξαιρεί τις ιδέες του στην Ανάσταση. (Από την παρουσίαση στο οπισθόφυλλο του βιβλίου)

«Αντιμετωπίζοντας με δυσπιστία την κυβέρνηση, ο Αμερικανός συγγραφέας εξηγεί πως όσο λιγότερο κυβερνά μια κυβέρνηση, τόσο καλύτερη κυβέρνηση είναι, δεδομένου ότι τις περισσότερες φορές οι κυβερνήσεις προκαλούν περισσότερη ζημιά απ’ ό,τι ωφελούν. (?) Το κράτος λοιπόν οφείλει να προασπίζεται την ελευθερία και τη συνείδηση των ατόμων που το αποτελούν, διαφορετικά χάνει την ηθική νομιμοποίησή του. Επομένως, η πολιτική ανυπακοή δεν είναι απλώς ένα δικαίωμα των ελεύθερων ανθρώπων. Είναι αρχικά και πρωτίστως ένα καθήκον».